Apie Krikštėnų dvaro įsikūrimą tikslių žinių nėra. “Istorijos puslapiuose” dvaro istorija prasideda 1745 m., kuomet dvarą iš Monkevičių giminės nusipirko Ignas Bogušas. Po jo mirties dvarą paveldėjo jo jaunesnysis brolis – Pranciškus Ksaveras Bogušas. 1804 m. jis dvarą paliko ir išsikėlė gyventi į Varšuvą. Deja, iki mūsų dienų neišliko jokių duomenų, kaip minėtu laikotarpiu atrodė dvaras.

P. K. Bogušui išsikėlus į Varšuvą, jį perėmė Pomarnackių giminė. XIX a. vid. Julius Pac-Pomarnackis pastatė klasicizmo stiliaus dviejų aukštų mūrinius rūmus su triaukščiu rizalitu pagrindinio fasado centre. Jo sūnūs Jonas ir Stanislovas XX a. pr. dvarą pardavė prancūzų kilmės carinės Rusijos generolui Edvardui de Bondi, vėliau dvarą valdė jo sūnus Ignacis de Bondi.

Antrojo pasaulinio karo metais dvaras nukentėjo bomboms sugriovus vieną rūmų sparną. Pokariu dvaro rūmai priklausė Krikštėnų tarybiniam ūkiui, juose ilgą laiką buvo įsikūrusi Krikštėnų kaimo raštinė ir biblioteka, vėliau jie apleisti. Sovietinių rekonstrukcijų metu dvaro rūmai smarkiai pakito. 1992 m. Krikštėnų dvaro sodybos rūmai paskelbti vietinės reikšmės architektūriniu kultūros paveldo objektu. 1994 m. dvaras grąžintas de Bondi giminės paveldotojams, kurie jį pardavė dabartiniam dvaro savininkui ir valdytojui. 2010 m. šio žmogaus iniciatyva buvo sutvarkyta Krikštėnų dvaro aplinka, rūmai rekonstruoti, dalinai restauruoti bei pritaikyti turizmo ir visuomenės reikmėms.